Setelah pertempuran dengan Armada Ketiga AS, Kaieda tiba di Teluk Tokyo untuk menyimpulkan aliansi dengan Jepang. Pemerintah Jepang mengumumkan kepada publik serangkaian peristiwa yang dimulai dengan Proyek Seabat yang sangat rahasia. Kapal selam MSDF bertabrakan dengan kapal selam nuklir A.S., menghancurkan seluruh 76 orang di dalamnya, termasuk CO-nya, Shiro Kaieda. Namun, krunya selamat. Kecelakaan tersebut merupakan cerita kedok untuk membawa awak kapal selam MSDF menaiki Seabat, kapal selam nuklir yang diam-diam dibangun oleh pemerintah Jepang dan AS. Namun, Kaieda memuat Seabat dengan rudal nuklir dan tiba-tiba memberontak dan melarikan diri.