Yoshika terjebak di dalam kubah di sekitar Berlin, dan para Penyihir lainnya terputus. Bisakah mereka masuk ke dalam untuk menyelamatkannya tepat waktu? Saat itu tahun 1939 – saat itulah Neuroi muncul. Tidak ada yang tahu dari mana mereka berasal atau apa agenda utama mereka, namun faktanya serangan mereka membuat orang-orang keluar dari kota mereka. Untuk mengangkat senjata melawan mereka, umat manusia mengembangkan senjata anti-Neuroi baru yang disebut \”Unit Penyerang.\” Menggunakan kekuatan sihir untuk melawan monster, perangkat baru ini meningkatkan dan memperkuat kekuatan pengguna sihir wanita. Untuk menggunakan perangkat ini, para penyihir muda dari seluruh dunia dikumpulkan untuk membentuk unit satuan tugas elit yang disebut 501st Joint Fighter Wing, yang umumnya dikenal sebagai \”Strike Witches.\” Saat itu tahun 1939 – saat itulah Neuroi muncul. Tidak ada yang tahu dari mana mereka berasal atau apa agenda utama mereka, namun faktanya serangan mereka membuat orang-orang keluar dari kota mereka. Untuk mengangkat senjata melawan mereka, umat manusia mengembangkan senjata anti-Neuroi baru yang disebut \”Unit Penyerang.\” Menggunakan kekuatan sihir untuk melawan monster, perangkat baru ini meningkatkan dan memperkuat kekuatan pengguna sihir wanita. Untuk menggunakan perangkat ini, para penyihir muda dari seluruh dunia telah dikumpulkan untuk membentuk unit satuan tugas elit yang disebut 501st Joint Fighter Wing, yang umumnya dikenal sebagai \”Strike Witches.\” Setelah mengetahui bahwa Neuroi mampu berkomunikasi dengan manusia dan berdamai dengan sarang di atas Gallia, regu Penyihir sedang menjalankan misi untuk membangun kembali komunikasi, ketika serangan mendadak menyebabkan Neuroi menghilang. Para Penyihir menemukan sarang baru dan besar yang baru saja muncul, meliputi hampir seluruh Eropa. Tanpa ampun dan tanpa belas kasihan ia memusnahkan pasukan sekutu bersama para Penyihir. Kabar serangan itu sampai ke Fuso dan batalion pendukung dikerahkan untuk menyelamatkan para korban. Di antara tim penyelamat adalah mantan kapten Striker Mio Sakamoto dan sekarang warga sipil Yoshika Miyafuji, yang ingin menyelamatkan teman-teman tersayang mereka. Setelah bubar, gadis-gadis dari Sayap Tempur Gabungan 501 kembali menghadapi ancaman Neuroi, kini bergabung dengan anggota baru, Shizuka Hattori.