Pada hari baru di wilayah Kanto, Satoshi diundang oleh Profesor Yukinari Ookido ke upacara pembukaan lab Profesor Sakuragi di Kota Vermillion. Selama pidato seremonial, Profesor Sakuragi menerima peringatan tentang kemungkinan munculnya Pokémon langka di pelabuhan Kota Vermillion, membuat Satoshi dan pelatih lainnya bergegas ke daerah tersebut dengan harapan menemukan Pokémon misterius tersebut. Di pelabuhan, mereka menemukan Lugia—Pokemon Legendaris—sedang bertarung dengan pelatih lain.
Menyadari taktik pelatih lainnya, Satoshi meminta rekannya, Pikachu, menyerang Lugia dengan serangan Thunderbolt. Tidak terpengaruh, Lugia melarikan diri, tetapi Satoshi dengan tegas melompat ke punggungnya. Yang mengejutkan Satoshi, dia bertemu anak laki-laki lain, Gou, yang juga melompat ke punggung Lugia. Keduanya menaiki punggung Lugia yang membawa mereka dalam petualangan aneh melintasi lautan. Saat keduanya kembali ke tanah, Satoshi dan Gou mengucapkan selamat tinggal pada Lugia dan kembali ke Institut Sakuragi.