Dengan nasib seluruh alam semesta yang seimbang, Badai harus menghentikan cara kehancurannya dan dalang sebenarnya yang mengendalikan Jakanja; tapi mungkin memerlukan kerja sama tim untuk mengakhiri perang ninja. Ketika sebuah tragedi menimpa teman-temannya di hari kelulusan, tiga murid Akademi Ninja Hayate Way harus menghadapi Jakanja — klan pejuang luar angkasa yang jahat. Tapi mereka tidak bisa melakukannya sendiri. Bisakah mereka mendapatkan bantuan yang mereka perlukan? Dan bisakah para pejuang muda bertindak cukup cepat untuk mengalahkan Jakanja sebelum mereka menghancurkan alam semesta?