Kira di Strike Freedom dihadang oleh Rey di Legend. Sementara itu, Athrun di Infinite Justice bertarung melawan Lunamaria di Impulse dan Shinn di Destiny. Requiem dihancurkan dalam upaya bersama dari Keadilan Tak Terbatas dan Mu di Akatsuki. Upaya gabungan dari Malaikat Agung dan Keadilan Tak Terbatas, merusak Minerva, menyebabkannya jatuh ke Bulan. Durandal dan Kira saling berhadapan di Mesias yang runtuh. Durandal ditembak oleh Rey, dan Kapten Gladys memerintahkan Kira untuk pergi saat dia, Rey dan Durandal terbunuh ketika Mesias jatuh ke permukaan Bulan. Perang Valentine Berdarah Kedua berakhir. Di era ini, umat manusia telah berkembang menjadi dua subspesies: Naturals, yang tinggal di Bumi dan Koordinator, manusia yang ditingkatkan secara genetik yang mampu menahan kerasnya ruang angkasa yang menghuni koloni orbital. Ceritanya berkisar pada Koordinator muda Kira Yamato yang terlibat dalam perang antara dua ras setelah koloni luar angkasa netral diserang oleh Koordinator. Ditetapkan dua tahun setelah Mobile Suit Gundam SEED yang asli, ZAFT akan memasuki perang lain melawan ras manusia biasa, Naturals, seri ini berfokus pada Shinn Asuka, seorang prajurit dari ZAFT serta keterlibatan berbagai karakter yang kembali dalam perang.
