Konfrontasi terakhir sudah dekat! Akankah Ragyo dan Nui membawa akhir dunia, ataukah Ryuko dan yang lainnya mampu menghentikan mereka? Akademi Honnouji secara paksa diatur oleh kontrol tangan besi dari OSIS dan presidennya, Satsuki Kiryuuin. Siswa pindahan, Ryuuko Matoi, tiba di kampus membawa pedang raksasa, yang sebenarnya setengah dari gunting. Dia mencari wanita yang memegang separuh pedangnya yang membunuh ayahnya. Dikatakan bahwa Satsuki Kiryuuin mengetahui identitas si pembunuh tetapi ketika Ryuuko menghadapinya, dia dipukuli oleh OSIS dan “seragam goku” mereka yang kuat yang kekuatannya tidak dapat dia tandingi. Namun, begitu Ryuuko menerima \”Kamui\” miliknya sendiri dengan nama Senketsu, kemungkinannya akan menguntungkannya.