Ceritanya dimulai di ruang kelas sebuah sekolah menengah. Tokoh utama kita, Kyu, ketika dipanggil oleh konselor, menyatakan bahwa dia ingin menjadi seorang detektif. Dia mengikuti ujian masuk ke Sekolah Detektif Dan tempat orang-orang berbakat dari seluruh negeri berkumpul. Dia lulus ujian masuk yang sulit untuk apa yang disebut \”kelas Q\” (Q = memenuhi syarat), yang secara pribadi diinstruksikan oleh pendiri dan kepala sekolah, detektif terkenal legendaris, Dan Morihiko. Di sana ia mengenal Minami Megumi (Meg) dengan kemampuan memori fotografisnya, Touyama Kintarou (Kinta) – keturunan \”Kin-san\” dari Touyama, Narusawa Kazuma (Kazuma) – seorang programmer jenius, dan Amakusa Ryu (Ryu ) – mahasiswa Todai (Universitas Tokyo) yang aneh. Mereka berlima saling bekerja sama, sekaligus bersaing satu sama lain, menuju kelulusan. Q bercita-cita menjadi seorang detektif hebat, dan cara apa yang lebih baik bagi siswa kelas sembilan untuk mewujudkan mimpinya selain dengan mendaftar ke Sekolah Detektif Dan? Sekolah Detektif Dan adalah akademi pertama dan satu-satunya di Jepang yang didirikan untuk mendidik Sherlock Holmes berikutnya. Dan di \”Kelas Q\”, kelas khusus untuk orang-orang paling cerdas di akademi, siswa tidak hanya diajarkan pengetahuan dasar pekerjaan detektif, tetapi juga kualitas yang menentukan seorang detektif hebat, baik itu pikiran yang ingin tahu, kemampuan untuk membedakan bukti terkecil, atau pengabdian pada kebenaran. Kyu berhasil lolos ke Kelas Q, di mana dia bergabung dengan yang lain: Megumi, Kintaro, Kazuma, dan Ryu, yang sangat dihormati oleh Dan sendiri, tetapi menjadi misteri bagi orang lain. Sesama rival dan teman di kelas, mereka berlima harus menggabungkan keterampilan kolektif mereka jika mereka ingin memecahkan, berkali-kali, beberapa kasus paling membingungkan yang melibatkan segala hal mulai dari pembunuhan berdarah dingin hingga hantu yang gelisah. Apakah mereka akan mendapat nilai?