Kami kembali ke dunia setelah tanggal 32 Agustus, di mana Makoto bertemu ayah Kadode. Makoto hanya melihat satu jalan keluar bagi Nobuo: dia harus memulai kembali dunia sekali lagi dan melakukan perjalanan kembali ke titik 12 tahun yang lalu, di mana Mesin Pergeseran berlabuh. Saat dunia terancam oleh kemunculan tiba-tiba kapal induk alien yang misterius, sahabat Koyama Kadode dan Nakagawa “Ontan” Oran melanjutkan kehidupan sekolah menengah mereka. Namun seiring pertumbuhan mereka, mereka menghadapi pertanyaan-pertanyaan eksistensial, mempelajari kompleksitas masa dewasa dan bahwa ancaman sebenarnya mungkin tidak datang dari atas.