Mereka sekarang memiliki 7 Lulusan, tapi melawan dewa juga membutuhkan rencana yang ambisius dan berani. Dengan waktu Ai yang hampir habis, ketiganya bersiap untuk perjalanan berikutnya; Kyoto menunggu. Ceritanya berpusat pada Keitarou Gentouga, yang memiliki kemampuan menjadi medium roh. Di sekolah menengah pertama, dia membuat orang lain terlibat dalam insiden kerasukan roh, dan dia telah dikurung selama lebih dari dua tahun. Saat ia memperkenalkan kembali dirinya ke masyarakat sebagai guru privat, ia bertemu dengan seorang gadis jenius bernama Yayoi Houzuki. Yayoi langsung mengetahui bahwa Keitarou memiliki keterampilan sebagai perantara roh, dan dia mengundangnya untuk pergi bersamanya ke lokasi berhantu. Keduanya kemudian memulai perjalanan mereka menangkap roh jahat.