Seorang anak bernama boboiboy mengetahui ada alien yang mencoba menyerang planet mereka. Robot bernama ochobot memberi boboiboy dan temannya kekuatan untuk menyelamatkan planet mereka. Musim pertama terdiri dari 13 episode dan satu episode final khusus yang diperpanjang. Ini mulai ditayangkan pada hari Minggu, 13 Maret 2011 pukul 19.00 di TV3. Acara ini ditayangkan di Disney Channel Asia mulai 11 Juni 2011, dan di NTV7 mulai 24 Mei 2014.\n\nEpisode dimulai dengan karakter utama, BoBoiBoy dalam perjalanan ke rumah kakeknya Tok Aba di Pulau Rintis untuk liburan sekolah. Di saat yang sama, Adu Du, alien dari planet Ata Ta Tiga menuju ke Bumi, untuk mencari sumber energi. Dia mengetahui bahwa ada kakao, sumber energi yang kuat, yang telah punah dari planetnya sekitar 30.000 tahun yang lalu. Adu Du ingin menaklukkan semua kakao untuk dirinya sendiri agar dia bisa menjadi pahlawan bagi planetnya. Untuk memastikan rencananya berhasil, dia mencari bantuan dari Power Sphere (Ochobot). Namun, serangkaian kecelakaan terjadi dan BoBoiBoy malah mendapatkan Ochobot. Ochobot kemudian memberikan beberapa kekuatan super kepada BoBoiBoy dan teman barunya, Ying, Yaya, dan Gopal. Musim kedua terdiri dari 13 episode, ditayangkan pada hari Minggu, 27 Mei 2012 pukul 19.00 di TV3.\n\nDi musim ini, BoBoiBoy memulai babak baru dalam hidupnya dengan pindah ke Pulau Rintis untuk bertemu kembali dengan Tok Aba Bin Abah Kau, Gopal, Ying dan Yaya. Cerita di musim ini terutama berpusat pada kehidupan BoBoiBoy dan teman-temannya di Sekolah Dasar Pulau Rintis. BoBoiBoy juga bertemu dengan penantang baru, Fang di sekolah barunya.\n\nFang atau Mystery Boy pertama kali diperkenalkan di Musim 1 pada episode Extended Finale. Di final Musim 2, teman-teman BoBoiBoy bersama Fang melawan alien super kuat bernama Ejo Jo yang mengambil semua jam tangan listrik kecuali Fang dan Boboiboy, dan untuk mengalahkannya, Fang menggunakan kekuatan penuhnya. Musim ketiga terdiri dari 26 episode, awalnya ditayangkan mulai Agustus 2013 hingga Juni 2016.\n\nDi musim ini, BoBoiBoy mengalahkan Ejo Jo, dan Adu Du bin Abu Seman menjadi teman BoBoiBoy tetapi dia kembali menjadi jahat karena ibunya. Boboiboy juga mendapatkan kekuatan Elemen Api dan Air barunya.\n\nIni adalah musim pertama episode baru diunggah ke YouTube sebelum ditayangkan pertama kali di TV. Ini juga merupakan musim pertama yang mengganti lagu tema, mengganti \”BoBoiBoy Superhero Kita\” (Bahasa Inggris: BoBoiBoy, Our Superhero!) dengan \”Jagalah Bumi\” oleh Kotak.