Ditetapkan pada tahun 1635, 35 tahun setelah pertempuran Sekigahara, Jepang tampak damai. Tapi makhluk mengerikan yang disebut ‘Gun-Kyo’ yang melahap manusia mengganggu ketenangan ini. Shogunate membakar desa-desa di mana Gun-Kyo muncul untuk menyembunyikan kebenaran. Orin, seorang mantan ninja yang hidup dengan tenang dengan anak tirinya, ditarik kembali ke pertempuran setelah bertemu senjata-kyo saat mencari obat. Sementara itu, Shiro, seorang senjata-kyo yang mempertahankan kesadaran manusia, berangkat untuk mengungkap asal-usulnya dan rahasia makhluk itu.