Okabe mempunyai satu kesempatan terakhir untuk melakukan perjalanan kembali ke masa lalu, mengatur segalanya dengan benar, dan menyelamatkan gadis yang bahkan tidak pernah ia cintai. Misinya sangat penting, tetapi itu mungkin berarti akhir bagi ilmuwan gila tersebut. Sekelompok teman telah menyesuaikan microwave mereka sehingga dapat mengirim pesan teks ke masa lalu. Saat mereka melakukan eksperimen yang berbeda, sebuah organisasi bernama SERN yang telah melakukan penelitian mereka sendiri tentang perjalanan waktu melacak mereka dan sekarang karakter tersebut harus menemukan cara agar tidak ditangkap oleh mereka.