Setelah misi mereka selesai, kelompok tersebut mengingat kembali semua kenangan indah mereka tentang Lyoko. Sissi, sementara itu, memasang alat pelacak pada Ulrich untuk mengungkap rahasia mereka. Ketika tiba waktunya untuk mematikan superkomputer, semua kecuali Yumi tidak mau melakukannya: Aelita masih berpegang pada harapan bahwa ayahnya bisa diselamatkan, Jeremie tidak ingin mengambil hal yang membuat mereka berteman. , dan Odd dan Ulrich sama-sama suka menjadi pahlawan. Saat mereka merenungkan keterikatan mereka pada Lyoko, Sissi menemukan jalannya ke laboratorium komputer, dan buku harian terbuka Jeremie mengungkap seluruh petualangan mereka. Ketika Sissi mencoba menjelaskan hal ini kepada ayahnya, dia yakin dia telah kehilangannya dan mengirimnya ke rumah sakit. Kembali ke masa lalu mengatasi masalah itu. Ulrich menghentikan Sissi memasang pelacak pada upaya berulang, dan kuintet tersebut mengundangnya sebagai teman. Sekali lagi di superkomputer, kelompok tersebut dengan suara bulat memutuskan untuk mematikannya, menutup buku petualangan mereka, untuk saat ini. Code Lyoko berpusat pada empat anak yang melakukan perjalanan ke dunia virtual Lyoko untuk bertarung melawan makhluk cerdas buatan bernama XANA, dengan manusia virtual bernama Aelita. Episode pertama saat mereka menemukan pabrik. Setelah menemukan alam semesta paralel yang tersembunyi di dalam superkomputer, empat siswa harus menghentikan virus pemberontak yang menghancurkan dunia rahasia. Para Prajurit Lyoko mempunyai tugas yang sulit saat XANA memperoleh kekuatan, dengan kemampuan untuk merasuki manusia dan menciptakan lebih banyak kekacauan di Bumi. Saat Musim 3 dibuka, XANA telah melarikan diri dari superkomputer dan bertekad menghancurkan Lyoko sehingga Warriors tidak dapat menghentikan rencana jahatnya. Jeremy dan Aelita harus membangun kembali Lyoko baru untuk menggantikan Lyoko yang dihancurkan dengan jahat oleh XANA di akhir musim ketiga.