Orang yang mengirim Hajime untuk menghadapi Kenshin tidak lain adalah Kepala Kementerian Dalam Negeri, mantan pejuang Revolusi Domain Satsuma, Toshimichi Okubo. Dia meminta Kenshin pergi ke Kyoto untuk menghentikan rencana rahasia pria yang mengaku sebagai penerus sah Hitokiri Battosai. Namun, pria itu seharusnya dibunuh 10 tahun yang lalu oleh rekan-rekannya di pemerintahan, karena mereka menganggapnya sebagai ancaman. Menerima permintaan untuk melakukan pembunuhan ini, apa jawaban Kenshin…? Sepuluh tahun telah berlalu sejak berakhirnya Bakumatsu, era perang yang menyaksikan pemberontakan warga melawan Keshogunan Tokugawa. Kaum revolusioner ingin menciptakan masa damai dan negara berkembang yang bebas dari penindasan. Era baru Meiji telah tiba, namun perdamaian belum tercapai. Pedang dilarang tetapi orang masih dibunuh di jalanan. Anak-anak yatim piatu yang menjadi veteran perang tidak punya tempat untuk pergi, sementara pemerintah tampaknya puas hanya mengisi kantong mereka dengan uang.